Il Dottor Faust (più precisamente, The tragical History of the Life and Death of Doctor Faustus) fu pubblicato per la prima volta nel 1604, 9 anni dopo la prematura morte di Marlowe e 12 anni dopo la prima rappresentazione teatrale.
È la storia del saggio e colto studioso tedesco Faust che decide di vendere la propria anima a Lucifero in cambio di 24 anni di vita durante i quali il diavolo Mefistofele sarà a suo completo servizio, dandogli potere e conoscenza assoluti. Faust sembra non pentirsi mai della propria scelta, nonostante diverse volte gli venga offerta la possibilità di redimersi e salvare la propria anima, salvo pentirsi alla fine dell’opera, quando è ormai ora che Lucifero arrivi a prendere la sua anima condannandolo alla dannazione eterna. Qui Faust, in un celebre monologo, mostra tutto il suo pentimento e la sua paura, chiedendo a Cristo di salvarlo.
Sono molti i temi contenuti nella tragedia del Dottor Faust, come quello del peccato, della dannazione e della redenzione; il tema della brama di conoscenza; quello della magia e infine il personaggio di Faust che diventa, grazie alla caratterizzazione che ne fa Marlowe, topos letterario egli stesso, capace di ispirare altre grandi opere letterarie dei secoli successivi.